Illumina二代测序原理是基于桥式扩增技术的。首先，DNA样本被随机断裂成短片段，然后这些片段被连接到适配器上，适配器上含有引物序列。接下来，这些片段被固定在流动细胞上，形成一个单分子荧光信号源。在PCR扩增过程中，引物会结合到适配器上，使DNA片段被桥式扩增。在每个PCR循环中，荧光标记的核苷酸会被加入到扩增的DNA链上，同时释放出荧光信号。这个过程会重复数次，每次加入一个不同的荧光标记的核苷酸。最后，荧光信号被检测和记录下来，以确定每个DNA片段的序列。这种技术可以高效地产生大量的短序列，从而实现高通量测序。