刘裕并没有将司马懿的后人灭族。司马懿的后人在晋朝时期仍然有一定的地位和影响力，但在南北朝时期逐渐衰落。据史书记载，南朝宋时期，有一位名叫刘劭的皇帝，他曾经杀害了司马懿的后人，但这并不是刘裕所为。