公司开专票和开普票的区别在于发票的用途和适用范围。
专票是指增值税专用发票，适用于企业之间的交易和企业向个人销售高额商品或服务时开具的发票。专票可以抵扣进项税，即企业购买商品或服务时支付的增值税可以通过专票抵扣。
普票是指增值税普通发票，适用于个人和企业之间的交易和企业向个人销售低额商品或服务时开具的发票。普票不能抵扣进项税，即企业购买商品或服务时支付的增值税不能通过普票抵扣。
因此，企业在开具发票时需要根据交易对象和交易金额选择开具专票或普票。