二氧化硫杀菌消毒的原理是通过二氧化硫气体的强氧化性和毒性作用，破坏细菌、病毒、真菌等微生物的细胞膜和细胞壁，使其失去生命活力，从而达到杀菌消毒的目的。二氧化硫气体还可以与微生物的蛋白质、核酸等生物大分子结合，影响其生物活性，从而达到杀菌消毒的效果。
二氧化硫具有强烈的氧化性，可以与微生物细胞内的蛋白质、核酸等生物大分子发生反应，破坏其结构和功能，从而达到杀菌消毒的目的。此外，二氧化硫还可以抑制微生物的代谢活动和生长繁殖，进一步增强其杀菌消毒效果。