长崎蛋糕的起源并不是在日本长崎，而是在葡萄牙。在16世纪，葡萄牙人来到日本，并将蛋糕的制作方法带到了当地。长崎蛋糕最初被称为“葡式蛋糕”，后来逐渐演变成了现在的长崎蛋糕。因为长崎是日本最早与葡萄牙接触的城市之一，所以长崎蛋糕被误认为是起源于长崎。