白头海鵰的巢穴通常建在悬崖峭壁或树林中，长宽约3米，高度可达2米。巢穴由树枝、草、海藻等材料构成，内部则铺有柔软的植物材料。巢穴的重量可达上百斤，因此需要坚固的支撑物来支撑它的重量。白头海鵰的巢穴通常会一直使用多年，每年会不断加固和修缮。