煤层中有琥珀是因为琥珀是由树脂化石化而成的，而煤层是由古代植物残骸经过长时间的压缩和化学作用形成的。因此，当树脂流入煤层中并被埋藏时，它可能会在数百万年的时间内逐渐转化为琥珀。这也是为什么在一些煤矿中可以发现琥珀的原因。